La Iglesia Evangélica de Negotino es parte de la Iglesia Evangélica de República de Macedonia. Sus inicios se remontan a 1999. En ese año Goran Iliev fue ordenado pastor  y junto con su familia se mudó a vivir a Negotino donde la Iglesia comenzó sus servicios oficiales en una locación rentada. Luego de un año, con la ayuda de Dios, la Iglesia pudo comprar una edificación en el centro de la ciudad. Con esto, la Iglesia Evangélica Negotino se estableció con su propio edificio (en 2001) y comenzó con sus servicios, aunque la inauguración oficial fue en 2002.

El primer bautizo de creyentes de Negotino fue realizado en el verano del 2001, en el río Vardar. Con este evento, espontáneamente se inició la tradición de que todos los veranos, un grupo de creyentes de Negotino y Kavadarci son bautizados en el mismo lugar.  Luego, en el verano de 2003, los primeros hermanos de la Iglesia (Todor Georgiev y Dime Nakov) son ordenados y la iglesia formó su cuerpo de dirección. Desde sus inicios, hasta hoy, la Iglesia Evangélica Negotino mantiene sus actividades regulares y servicios semanales, recibiendo a todos aquellos que deseen crecer en la fe Cristiana.