La Iglesia Evangélica Negotino, durante sus servicios Dominicales (todos los Domingos desde las 11:00 hrs), mantiene clases Bíblicas para niños, también llamadas “Escuela Dominical”.  

Las clases son en dependencias de la Iglesia pero separadas y especiales para niños, con el fin de entregar la oportunidad a los padres para escuchar la Palabra del Señor sin preocuparse por los niños. 

La Escuela Dominical para niños incluye diversos programas donde se incluyen canciones, juegos, lecciones de la Biblia, pintura, actividades manuales, etc. 

Ocasionalmente, la Iglesia organiza picnic y excursiones para los niños de la Escuela Dominical en lugares turísticos de Macedonia.